Верховный суд в своем определении указал, что работник вправе обратиться за возвратом излишне удержанного НДФЛ непосредственно в налоговый орган только при отсутствии налогового агента.

Налог, удержанный по месту работы (службы), возвращает налоговый агент. Поэтому именно к нему надо обращаться с соответствующим заявлением, а при возникновении спора идти в суд.